Hlavní oltář. Novogotická kopie původního, pozdně gotického oltáře. Ústředním motivem je Poslední večeře Páně. Na pravém křídle oltáře jsou vyobrazeni svatí Barbora, Metoděj, Dorota a Vojtěch, na levém pak Cyril, Panna Maria, Václav a Kateřina. Nad oltářní mensou vidíme čtyři církevní otce, zleva svatého Řehoře, Augustina, Jeronýma a Ambrože.

Pastoforium. Vpravo od oltáře stojí kamenný svatostánek sloužící k uchovávání eucharistie (posvěcené hostie) od Matěje Rejska (počátek 16. století).

Klenba nad kněžištěm. Síťová klenba je zdobena znaky zemí a cechů, na nápisové pásce rozeznáme podpis autora, Matěje Rejska. Na hlavním svorníku klenby je vyobrazený Kristus s kalichem a hostií.

Triforium. Zdobný úzký ochoz v síle zdi pod okny chóru byl původně průchozí, při rekonstrukci došlo k jeho zaslepení. V Česku nalezneme triforium pouze zde a v chrámu sv. Víta v Praze.

typický prvek gotických katedrál.

zdobí jižní transept, ze kterého vede východ k bývalému jezuitskému hřbitovu.

Socha připomíná skutečnost, že výstavba chrámu byla úzce svázána s těžbou stříbra v Kutné Hoře. Havíř je oblečen do bílé perkytle, v jedné ruce drží kahan, v druhé pracovní nástroj důlního dozorce, tzv. štajgra. Havíři pracovali šest dní v týdnu, 10 - 14 hodin denně. Počátkem 16. století sestupovali do hloubek až 500 m, což bylo v té době nejvíce na světě.

je nesena krouženými žebry, mezi nimi v jednotlivých polích vidíme znaky kutnohorských cechů a erby měšťanů.

Empory. Podélné vnitřní balkóny v patře chrámu na svých parapetech nesou čtyři raně barokní sochy symbolizující křesťanské ctnosti: Spravedlnost, Opatrnost, Statečnost a Mírnost.

Varhany. Barokní varhanní skříň pochází z roku 1767. Samotný nástroj postavil Jan Tuček v roce 1903, přestavěn byl v roce 1974. Varhany mají 3 klaviatury, 52 rejstříků a 3991 píšťal.

Kazatelna. Jádro je kamenné (1566), barokní dřevěné obložení a baldachýn pochází z roku 1655.

Bohatě zdobené dřevěné lavice (17. století). Žádné dvě řezby zdobící boky lavic nejsou stejné.

Oltář sv. Františka Xaverského (konec 17. století). Dnes se v jeho svatostánku uchovává eucharistie.

Fresky na západní zdi kaple. Ve spodní části se dochovalo několik pašijových výjevů, které byly pravděpodobně součástí rozsáhlejšího cyklu: zleva je to Kristus před Kaifášem, korunování Krista trnovou korunou a bičování. Jedná se o nejstarší fresky v celém chrámu (vznikly kolem roku 1450). Nad nimi vidíme dva mincíře, kteří ze stříbrného plechu pořizují tzv. střížky, a pregéře razícího kutnohorské mince. Andělé s kadidelnicemi a hudebními nástroji připomínají, že na nedochované fresce (v místě nynějšího okna) byla pravděpodobně vyobrazena Panna Maria nebo Kristus.

Vitráž sv. Anežky České (2013). Nejnovější součást výzdoby chrámu, autorem je Tomáš Rafl. Zachytil svatou Anežku, jak pečuje o nemocného žebráka.

od hlavního vchodu chrámu k oltáři. Chrám je orientován od západu směrem k východu; prostor má přijímat první i poslední paprsky slunce. Člověk přicházející hlavním vchodem jde symbolicky ze tmy ke světlu, kterým je vzkříšený Kristus.

Západní stěna je vymalována barokní freskou znázorňující Vidění sv. Ignáce zraněného v bitvě u Pamplony, autorem je Jan Karel Kovář.

Zpovědnice (1665) nesou na římse plastiky svatých Jakuba, Petra a Pavla.

Kovová truhla sloužila jako chrámová pokladnice.

Vstup na schodiště vedoucí na empory. Do patra se stoupá po 84 schodech.

Jsou součástí původního chrámového inventáře, zhotovil je Jan Nymburský.

Epitaf (náhrobní deska). Dřevěný rám je z roku 1615, střední výjev velké Kalvárie pochází z druhé poloviny 16. století.

Obraz Nanebevzetí sv. Barbory. Malba vynikajícího jezuitského autora Ignáce Raaba byla původně umístěna ve středu hlavního barokního oltáře, který stál v kněžišti od 18. století. Na obraze vidíme chrám s původní stanovou střechou, kamennou chodbou vedoucí do jezuitské koleje; vpravo kostel sv. Jakuba.

Kamenná roseta s plaménky nade dveřmi do sakristie je typickým prvkem parléřovské gotiky.

Místnost pro uchovávání liturgických předmětů a přípravu obřadů.

Lavabo. Kamenné umyvadlo slouží kněžím k umývání rukou před obřady.

Obrazy jezuitů. V době působení jezuitů byly umístěny v hlavní lodi.

Výstava relikviářů a bohoslužebných předmětů.

Na skalnatém ostrohu nad říčkou Vrchlicí stávala podle tradice od počátku 14. století hornická kaplička zasvěcená svaté Barboře, v její těsné blízkosti se v 80. letech 14. století začalo se stavbou karneru - dvoupodlažní hřbitovní kaple s kostnicí. Stavba vznikala na hraně skalnatého svahu, její obvodové zdivo souvisí s přilehlou opěrnou zdí, která zpevňuje ostroh od východu k jihu. Dostavěno bylo jen spodní podlaží sloužící jako kostnice. Horní kaple dostavěna nebyla, její funkci brzy začal plnit rozestavěný chrám sv. Barbory.

Na oltáři stojí gotická madona (1380), nejstarší a nejvzácnější socha chrámu.

Kapli zdobí vitráž z roku 1913, která zachycuje Františka Josefa I. při návštěvě Kutné Hory dne 21. června 1906.

Pod oknem je ve výmalbě na zdi zachován letopočet 1560.

Kaple byla dříve zasvěcena patronovi zlatníků, sv. Eligiovi.

Součástí výzdoby kaple je obraz sv. Františka Xaverského.

U levé stěny stojí původní středověká oltářní mensa, nad ní pozdně gotická freska sv. Kryštofa.

Unikátní celek pozdně gotických fresek zachycuje mimo jiné rodinu Smíškovu (pod oknem), ukřižování Krista (nalevo) a Královnu ze Sáby (napravo).

Pozdně gotické fresky zobrazují výjevy ze života prostých havířů.